臨床上如果發現便血、腹痛、不明原因的貧血、消瘦。CT發現腸道有異常的腫物、大便習慣改變，無論這種改變是忽然腹瀉，還是忽然出現便秘或者腹瀉便秘交替，以及有些時候懷疑腸道里發生特殊的炎症。炎症是結核感染，特殊感染，還是這種炎症是自身免疫性炎、克羅恩、白塞還是潰瘍性結腸炎等，都需要做腸鏡檢查。

　　對於普通人群，如果出現了排便習慣改變、大便出血、大便潛血陽性以及貧血不明原因，而且胃鏡檢查也沒有發現病變者，都應當進行腸鏡檢查。

　　腸鏡檢查也被稱之為結腸鏡檢查，電子結腸鏡可以通過腸鏡來發現腸黏膜表面有無損傷、有無炎症、有無腫瘤、有無癌前病變。